Kapı Ağası Medresesi (Büyük Ağa Medresesi); Amasya’nın Merkez İlçesi, Bahçeleriçi Mahallesi sınırları içerisinde yer almaktadır. Şehir içi ulaşım araçlarıyla ulaşım mümkündür.
Sultan II. Bayezid’in Kapı Ağası Hüseyin Ağa tarafından 1488 yılında yaptırılmıştır. Planı klasik Osmanlı medrese formundan farklılık gösterir. Özellikle Selçuklu mezar anıtlarında görülen sekizgen plan şeması ilk kez bu medresede uygulanmıştır.
Medreseye kuzey-batı kenarında bulunan büyük yay kemerli kapıdan girilir. Giriş kapısının hemen ardında her iki yanında dikdörtgen nişlerin yer aldığı küçük bir dehliz bulunur. Medresenin ortasında bulunan sekizgen avlunun etrafı her kenarda bulunan dörder sütun ve bu sütunlar üzerine oturan sivri kemerli revaklarla çevrelenmiştir.
Bursa kemeri olarak adlandırılan tarzda yapılmış bu kemer yapısı iç mimariyi daha da güzelleştirmiştir. Üzerleri tonozlu bu revaklardan öğrenci hücrelerine geçilir. Dikdörtgen mermer çerçeveli birer pencere ile dışarıya açılan hücrelerin üzerleri sekizgen kasnaklı kubbelerle örtülüdür.
Medresenin güney kenarında öğrenci odalarından daha büyük ve daha yüksek bir kubbeyle örtülü, aynı zamanda mescit olarak da kullanılan dershane bulunur. Medresenin duvar örgüsünde moloz taş ve tuğla birlikte kullanılmıştır. Yatay şeritler halinde üçer sıra tuğla örgülerin arası moloz taş malzemeyle doldurulmuştur.
Medrese Amasya’da yüksek derecede eğitim öğretimin yapıldığı yer olmuştur. Altmışlı Medreseler grubundan olan bu medresede, en bilineni Taşköprülüzade Mustafa Müslihiddin Efendi olmak üzere birçok ilim adamı müderrislik yapmıştır. 19’uncu yüzyıl sonlarında eski canlılığını yitiren medrese, yaşanan depremler sonrası kullanılamaz durumda iken, 1978 yılında restore edilerek bugünkü haline kavuşmuştur.
